El órgano máximo de gobierno de la Fundación UNICEF Comité Español es el patronato, compuesto por todos los presidentes de los comités autonómicos y 10 miembros independientes.

Dentro del Patronato tiene una especial relevancia la Comisión Permanente, que es una representación reducida del Patronato y una institución estatal encargada de vigilar el funcionamiento de la Fundación. Esta Comisión está formada por seis miembros permanentes y por tres vocales.

Comisión Permanente del Patronato

- Presidenta
Consuelo Crespo Bofill

- Vicepresidente
Juan Ignacio de la Mata Gorostizaga

- Secretario General
Enrique Piñel López

- Tesorero
Jose Luis Herrero Subirana

- Vocales
Mª Luisa Cancela Ramírez de Arellano
Jose María Castellano Ríos