En UNICEF, el control y evaluación de la gestión de los fondos es riguroso y constante:

• Internacionalmente, la organización es auditada por el sistema de Naciones Unidas y también por auditores externos en cada uno de los países en los que desempeña su labor.
• UNICEF España también esta sujeta a controles y auditorias que garantizan la transparencia en la gestión de los fondos. Cada año se somete a una auditoria externa, que actualmente realiza la firma PricewaterhouseCoopers. La Fundación dispone de un manual de procedimientos administrativos y cuenta con un área que se encarga de la auditoria interna y vela por el cumplimiento de estos procedimientos. 
• Las Cuentas Anuales de la Fundación son depositadas en el Protectorado del Ministerio de Trabajo y Asuntos Sociales, según el artículo 25 de la Ley 50/2002, de 26 de diciembre.